Původní systém pokrývající mezibankovní zúčtování v celém Československu a pracující s československou korunou zajišťuje od 8. února 1993 zúčtování pouze na území České republiky pro platby denominované v českých korunách. Během minulých let se pro tento systém vžil název CERTIS, který je akronymem z anglického názvu Czech Real-Time Interbank System.

Základní funkce systému jsou stále stejné: systém kontroluje nejen kvalitu dat, ale i „solventnost“ banky plátce v okamžiku, kdy má tato banka pokrýt systémem zpracovávanou transakci. Postupem doby byl systém vylepšován a modernizován. Od poloviny prvního desetiletí 21. století již nepracuje na mainframe systémech UNISYS, ale na rychlých serverech využívajících databázové a vývojové prostředí Oracle.

Naprostá většina dat je dodávána elektronicky, stejně tak výsledky zpracování jsou účastníkům systému k dispozici v elektronické formě, do jejich systémů se dostávají prostřednictvím komunikačních linek. Samozřejmostí je zálohování systému v reálném čase. Uživateli mohou být nejen banky, ale i spořitelní a úvěrní družstva. Všichni uživatelé mají prostřednictvím zabezpečené webové aplikace přístup do Informačního systému, kde najdou všechny potřebné informace o průběhu zpracování.

Vzhledem k tomu, že současná úroveň povinných minimálních rezerv, které byly zpočátku jediným zdrojem likvidity systému, je na pouhých 2 %, byl vyvinut systém poskytování vnitrodenních úvěrů prostřednictvím Systému krátkodobých dluhopisů, který je rovněž provozován centrální bankou. Každá banka má možnost požádat v tomto systému (samozřejmě elektronicky) ČNB o poskytnutí uvedeného typu úvěru s tím, že žádající banka musí tento úvěr zajistit kolaterálem ve formě cenných papírů z registru krátkodobých dluhopisů. Poskytnutí úvěru je zcela automatické. V případě, že banka v následujících hodinách úvěr splatí, je jí kolaterál automaticky vrácen, uvolněn. V opačném případě, tedy pokud banka nesplatí poskytnutý úvěr do konce pracovního dne systému CERTIS, se vnitrodenní úvěr změní na „overnight“ úvěr s určitou sankční úrokovou sazbou a po celý následující den (ani v případě splacení) nejsou cenné papíry poskytnuté jako kolaterál uvolněny.

Na počátku, ještě v rámci Československa, zpracovával systém průměrně kolem 250 000 transakcí denně v celkovém objemu nepřevyšujícím 100 mld Kč. Dnes, po dvaceti letech, je průměrný počet denně zpracovaných transakcí téměř desetinásobný (téměř 2 mil položek denně) a průměrné denní obraty jsou ve výši přesahující 550 mld Kč. Sytém je testován na kapacitu až 8 milionů položek zpracovaných během jediného dne. Absolutního rekordu co do počtu zpracovaných položek bylo dosaženo dne 16. listopadu 2010, a to 5 719 349 transakcí.