1938 - 1945

Do existence veřejných peněžních ústavů významně zasáhly Mnichovská dohoda, okupace a vznik Slovenského státu. Následkem odstoupení pohraničí nacistickému Německu ztratil svou oblast působnosti Slezský pozemkový a komunální ústav, a proto byl nucen likvidovat. Jako hlavní problém likvidace se ukázalo, že se jeho pohledávky nalézaly na území tří zemí - Československa, Německa a Polska. Od března roku 1939 správu jeho závazků v Sudetech převzala Landesbank und Girozentrale für das Sudetenland a v Československu Hypoteční a Zemědělská banka moravská. Podobně Landesbank und Girozentrale für das Sudetenland převzala od ostatních zemských ústavů jejich obchody nalézající se v sudetských oblastech.

Po utvoření samostatného Slovenského státu byla na jeho území omezena působnost nejen českých obchodních bank, ale i veřejných úvěrních ústavů. Na základě vládního nařízení č. 77/1939 Sl. z. byla zřízena Slovenská hypotečná a komunálna banka, která získala výhradní právo na poskytování dlouhodobého emisního úvěru (hypotečního, komunálního, melioračního, železničního a elektrifikačního) na území Slovenského státu. Postupně převzala všechny obchody dosavadních bratislavských filiálek Zemské banky a Hypoteční banky české, které se vztahovaly na slovenské území.

V době okupace se uskutečnila rozsáhlá přestavba protektorátního veřejného peněžnictví. Již v roce 1940 byla v Čechách uzavřena „personální unie“ Zemské banky a Hypoteční banky české, když bývalý generální ředitel Zemské banky Josef Miller odešel do výslužby a na jeho místo byl jmenován vrchní ředitel druhého z ústavů Josef Bürger. Následně se přistoupilo k vytvoření společného ředitelství obou ústavů. Na tento první krok o rok později navázal druhý. S účinností od 1. července 1941 byly na základě vládního nařízení č. 242/1941 Sb. z. a n., oba ústavy sloučeny v jediný - Zemskou banku pro Čechy. Ta pak v důsledku ustavení Spořitelny Pražské převzala dnem 1. ledna 1943 univerzální sukcesí "Ústav zástavních listů Spořitelny České" a "Hypoteční ústav Městské spořitelny Pražské". Obdobně se na základě vládního nařízení č. 242/1941 Sb. z. a n. k 1 červenci 1941 definitivně sloučila Hypoteční a Zemědělská banka moravská s původní Zemědělskou bankou markrabství moravského (respektive zbytkem její likvidační podstaty). Tato instituce fungovala nadále pod novým názvem - Zemská banka pro Moravu.

Rok 1943 se stal klíčovým pro další existenci Zemské banky pro Čechy, resp. „Zemské banky pro Čechy – ústřední banky spořitelen v Čechách a na Moravě“. Podle vládního nařízení č. 206/1943 Sb. z. a n. se Zemská banka pro Čechy spojila s Ústřední bankou spořitelen, čímž získala také funkci peněžního a žirového ústředí spořitelen. Dosavadní Ústřední banka spořitelen (dříve Ústřední banka československých spořitelen) byla již od roku 1937 pověřena funkcí peněžního ústředí československých spořitelen a v průběhu prvních let okupace byla postupně přebudovávána tak, aby se z ní stalo spořitelní žirové ústředí dle německého vzoru. V roce 1940 vytvořila i tzv. sporožiro, což byl systém bezhotovostního placení mezi spořitelnami, a to nejen v Protektorátu ale i v Říši. Ke sloučení obou ústavů došlo na základě iniciativy německých nacistických funkcionářů, kteří působili v Ústřední bance a Zemské bance pro Čechy a podporované drtivým tlakem ministerstva hospodářství a práce. Podle pozdějších vzpomínek měl za provedení fůze dokonce intervenovat u státního tajemníka u říšského protektora Karla Hermanna Franka mocný místodržitel říšské župy sudetské Konrád Henlein.